商標登録するためには、特許庁に出願する必要があります。
商標登録出願の願書には、登録を受けたい商標（マーク）１つと、その商標をどんな商品・サービスに使うか（指定商品・役務）を記載します。この願書に、所定の手数料を添えて、特許庁に提出することで出願手続が完了します。
商標登録できない（と特許庁が考える）理由がなければ、登録査定という書類が届きます。その後、30日以内に登録料を特許庁に納付することにより、商標登録がなされます。
出願の際の手数料、登録料は、特許庁のウェブサイトで確認できます。
http://www.jpo.go.jp/tetuzuki/ryoukin/hyou.htm
指定商品・役務の区分の数が１の場合には、出願手数料は12,000円、登録料は28,200円です。それほど高くないですね。